Toàn bộ mục đích của Akatsuki là nhằm để thống trị thế giới. Để đạt tới thành quả, Pain đã lập ra 3 bước:

1. Họ lập kế hoạch để kiếm được 1 lượng tiền lớn cung cấp cho tổ chức.
2. Họ thiết lập tổ chức Akatsuki mỗi khi làm nhiệm vụ có hai người trở lên để hỗ trợ việc bắt Vĩ thú hoặc các nhiệm vụ khác
3. Tạo ra Thập Vĩ (9 Vĩ thú kết hợp lại) dùng sức mạnh của nó để tạo nên hòa bình chấp dứt chiến tranh cho thế giới ninja.

Các vĩ thú, chứa một sức mạnh to lớn, là trọng tâm chính của sự nỗ lực và thời gian của Akatsuki trong loạt truyện. Mỗi nhóm trong tổ chức được giao nhiệm vụ bắt 1 Vĩ thú, hoặc trong trường hợp khác, phải bắt được chủ thể của Vĩ thú đó. Akatsuki đã bắt tổng cộng được 7 vĩ thú trước chiến tranh Ninja lần 4 (Còn Bát Vĩ và Cửu Vĩ).

Mục đích của Obito: Sau khi chứng kiến Kakashi giết chết Rin, Obito đau buồn và tuyên bố rằng anh sẽ tạo ra một thế giới mà trong đó sẽ có Rin, chính vì thế anh đã quay trởi lại tìm Madara - người đã cứu mạng sống của anh sau cuộc chiến ở cầu Kanabi và quyết định tham gia vào kế hoạch của Madara là hồi sinh cho Thập Vĩ bằng cách bắt các Vĩ thú đã được tạo ra bởi Lục đạo tiên nhân và tập hợp chúng lại thành một con quái vật với sức mạnh vô địch, trở thành chủ thể của nó. Anh sẽ sử dụng nhẫn thuật của Thập Vĩ, Tsukuyomi Vĩnh Cửu để điều khiển cả thế giới, điều đó theo anh là sẽ mang lại hòa bình cho thế giới. Thông qua việc lấy danh nghĩa của Uchiha Madara, Obito đã thực hiện gần hoàn thành kế hoạch cho đến khi Madara được hồi sinh. Anh cũng nói rằng những việc anh làm là xây dựng lại niềm tự hào cho gia tộc Uchiha và anh sẽ sử dụng Sasuke để hỗ trợ cho việc này.

Mục đích Của Pain: Pain sẽ tập hợp các Vĩ thú và tạo ra 1 vũ khí vô cùng khủng khiếp, có thể xóa sổ 1 quốc gia lớn trong nháy mắt. Khi chiến tranh giữa các nước xảy ra và không có làng Ninja nào giúp họ, họ sẽ sử dụng thứ vũ khí này nhưng sau đó họ cũng sẽ ngừng chiến tranh vì thiệt hại và đau thương do thứ vũ khí gây ra. Chính vì thế, chiến tranh đã chấm dứt và mang lại nền hòa bình. Rồi thời gian trôi đi, sự đau đớn rồi sẽ quên đi dần dần và các nước sẽ lại gây chiến tranh và họ sẽ sử dụng thứ vũ khí ấy một lần nữa. Cứ như thế, 1 vòng tuần hoàn chiến tranh và hòa bình đã được tạo ra mà ẩn chứa trong đó là sự hận thù vô tận.Rõ ràng, Pain và Konan là những thành viên Akatsuki duy nhất nhận thức được điều này và biến nó trở thành kế hoạch. Sau cái chết của Pain và rời tổ chức của Konan, kế hoạch này đã chấm dứt.

Mục đích của Itachi: Sau vụ Thảm sát gia tộc Uchiha, Itachi đã rời Konoha. Thay vì anh sử dụng những Vĩ thú để phục vụ cho những lợi ích cá nhân của mình, nhưng anh không làm vậy mà đã gia nhập Akatsuki, âm thầm bảo vệ làng nhưng anh đã để lại một cái nhìn không tốt về mình cho mọi người nơi đây. Trong suốt thời gian trong tổ chức, anh đã gác lại những công việc cá nhân mà chỉ tập trung vào việc bắt Cửu Vĩ.